按國家衛生部消毒標準要求，湖南源生和清華大學對二氧化氯和液氯消毒進行共同實驗鑒定，結果表明，二氧化氯對水中致病菌和非致病菌及微生物和病毒的殺滅效果都非常好，明顯優于液氯，二氧化氯對水中的微球菌，葡萄球菌屬，孢球放射菌屬，八疊球菌屬，芽孢桿菌屬，短桿菌屬，鏈霉菌屬，無色桿菌屬等這些非致病菌屬有很好殺滅效果，同時，二氧化氯對水中的金黃色葡萄球菌，大腸桿菌，綠膿桿菌沙門氏菌，痢疾桿菌等致病菌具有很好的殺滅效果，而液氯的殺菌效果明顯不如二氧化氯，另外，在PH值為3~9范圍內都可很好的殺滅病菌，而液氯只有在近中性條件下（PH為6.5~8.5）可以有效殺滅病菌，相比液氯，二氧化氯投加量要少得多，二氧化氯的殺菌效果還可在水中持續很長時間，確保了管網里水的消毒效果。
液氯容易與水中有機物反應產生有機鹵等致癌物，而二氧化氯不會與水中有機物質發生反應產生殘留，所以，國際公認，二氧化氯取代液氯進行水消毒是必然趨勢。
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